Rozstania i powroty – tak najkrócej można określić historię prudnickich franciszkanów. Choć przybyli tu w połowie XIX w., to przedziwne koleje ich losu powodowały, że kilka razy musieli opuszczać Prudnik.

          Pierwsi franciszkanie ściągnęli na Śląsk w lutym 1852 roku. Siedmiu zakonników, przedstawicieli nowego odłamu rodziny franciszkańskiej – alkantarynów, skierowano do klasztoru na Górze św. Anny. Jednak brak znajomości języka polskiego mocno utrudniał zakonnikom nawiązanie kontaktu z miejscową ludnością, a sam klasztor okazał się zbyt duży. W marcu 1852 roku zaczęli budowę mniejszego klasztoru w okalającym miasto Prudnik lesie. W kamieniu węgielnym, wmurowanym w fundamenty powstającego budynku, zamknięte zostały relikwie św. Elżbiety. W sierpniu klasztor był gotowy. Kuria we Wrocławiu zbulwersowana faktem, iż wierni uczęszczają na nabożeństwa odprawiane przez alkantarynów, podczas gdy kościoły parafialne świecą pustką, wydała zakaz odprawiania w klasztornym kościele Mszy św. w tych samych godzinach co w parafiach. Jednak nieporozumienia narosły do tego stopnia, że w 1855 roku zakonnicy musieli opuścić klasztor.

W 1863 roku do opustoszałego klasztoru wprowadziło się kilku franciszkanów. Zakonnicy szybko przystąpili do rozbudowy kościoła i klasztoru. Jednak i tym razem nie było franciszkanom dane długo cieszyć się prudnickim ustroniem.

          W lipcu 1875 roku, jako skutek ogarniającego cały zabór pruski Kulturkampfu, wszyscy pracujący w duszpasterstwie zakonnicy wypędzeni zostali za granicę państwa. Po dwóch latach cały Prudnik wzruszony powrotem cenionych i szanowanych zakonników, witał ich prośbami, by tym razem pozostali tu już na zawsze.

          Prawdziwy cios na klasztor spadł dopiero w październiku 1954 roku. Spokojne życie zakonników przerwane zostało przez wkroczenie władz wojewódzkich i wojskowych, które „w związku z bliskością granic” nakazały franciszkanom opuścić klasztor. Przesiedleni zostali do Borek Wielkich. Zaś w Prudniku osadzono księdza Kardynała Stefana Wyszyńskiego, księdza Stanisława Skorodeckiego oraz zakonnicę Marię Leonię Graczyk. Więźniowie pozostali tu aż do października 1955 roku.

W styczniu 1957 roku do zdewastowanego przez ludzi Stalina klasztoru powrócili pierwsi franciszkanie, którzy zabrali się energicznie do remontu kościoła. Po trzech latach kościół został oddany do użytku. A 8 marca 1996 roku podniesiony został do godności Sanktuarium św. Józefa.