Jedyną ozdobą frontowej ściany są umieszczone w niszach figury śś. Józefa, Franciszka i Antoniego. Niewiele też sprzętów we  wnętrzu kościoła. W prezbiterium poczesne miejsce zajmuje neogotycki ołtarz główny. W jego centrum znajduje się obraz św. Józefa z Dzieciątkiem Jezusa. Jest to wykonana przez nieznanego malarza kopia poprzedniego wizerunku , pędzla wybitnego malarza, franciszkanina fra Pietro (Alberta Küchlera). Artysta namalował ów obraz około 1852 roku, w czasie, gdy w Prudniku po raz pierwszy pojawili się franciszkanie. Wizerunek ten, otaczany kultem, przetrwał rozmaite koleje losu, wędrował razem z franciszkanami i z nimi powracał do Prudnika. Nie straszne mu były nawet wojny światowe. Zaginął dopiero w latach 50. XX w., gdy komuniści zdewastowali kościół, chcąc urządzić w nim sanktuarium. Gdy w 1958 roku zakonnicy odzyskali swoją placówkę, nieznany malarz podarował kościołowi kopię poprzedniego obrazu. Owalne malowidło umieszczone jest w niewielkim, drewnianym ołtarzu, wykonanym w kształcie gotyckiej świątyni.

          Prezbiterium, zamknięte trójbocznie, ozdobione jest także umieszczonym za głównym ołtarzem malowidłem, przedstawiającym Boga Ojca, oraz obrazami, ilustrującymi opiekę św. Józefa nad Dzieciątkiem Jezus i śmierć św. Józefa. Na ścianie tęczowej znajdują się figury śś. Antoniego i Franciszka, oraz malowidło z inskrypcją „Ecce panis angelorum” (Oto chleb aniołów). Od strony nazwy, do ściany tęczowej przylegają dwa identyczne konstrukcyjne ołtarze boczne z figurą Najświętszego Serca Pana Jezusa oraz Matki Bożej.

          Na dziedzińcu, między przedsionkiem kościoła a wejściem do klasztoru, wznosi się pomnik – epitafium kard. Stefana Wyszyńskiego, odsłonięty 8 maja 1983 roku.